À la suite du malaise profond qui a secoué la chirurgie française, le CNC a vu le jour grâce à la publication de deux  arrêtés du 15 octobre 2004, portant création du Conseil National de la Chirurgie et nomination de ses  membres au Journal officiel du 30 octobre 2004 et signés par messieurs Philippe Douste Blazy Ministre de la Santé et de la Protection Sociale et François Fillon ministre de l’Education Nationale, de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche. Un petit groupe de chirurgiens libéraux et publics qui depuis plusieurs années avait réfléchi à l’avenir de leur métier et décidé à le faire évoluer furent  à l’origine du Conseil en proposant à leur tutelle et notamment les Agences Régionales de l’Hospitalisation des axes de réflexion et des missions sur le terrain dans le but  d’analyser la situation de la chirurgie en France et d’aider à la restructurer. Après deux ans et demi d’existence du Conseil, les arrêtés du 19 octobre, 2006, 21 décembre 2006, 30 décembre 2006 et 26 janvier 2007, signés par messieurs Xavier Bertrand, Ministre de la Santé et des Solidarités et Gilles de Robien, Ministre de l’Education Nationale de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche ont précisé les diverses missions et modifié la liste des membres afin d’inclure la totalité des forces vives de la spécialité dans un projet de convergence. 

Formée de 46 membres, appartenant à diverses institutions scientifiques, chirurgicales, syndicales et administratives, le conseil est dirigé par un bureau comprenant un président, trois vices présidents, un secrétaire général et un rapporteur à la Direction de l’Hospitalisation et de l’ Organisation des Soins.  Les membres sont nommés pour trois ans renouvelables par les ministres de la santé et de l’enseignement supérieur et de la recherche.  Ils proviennent des différents secteurs de l’activité chirurgicale, publique, libérale et privée à but non lucratif Le conseil est indépendant des services du Ministère de la Santé. Il rend compte au ministre, à son cabinet et à la DHOS de ses propositions et de ses missions. Outre les bureaux mensuels, le Conseil se réunit deux fois par an en Convention Plénière ou sont discutés les grands thèmes qui touchent à l’activité et à la qualité des soins chirurgicaux en France. Le Conseil organise ou participe activement à  des réunions à thèmes soit à l’Assemblée Nationale, au Sénat, au Conseil Economique et Social, aux Académies nationale de Médecine et de Chirurgie et  aux journées de l’hospitalisation publique ainsi qu’a d’autres manifestations privées ou publiques, afin de mettre la chirurgie au cœur du débat sur la rénovation du système de soins. Ses membres, quelle que soit leur appartenance à des institutions ou organismes divers, conscients de l’importance des choix à faire, travaillent dans un esprit de collaboration en dépassant leurs éventuelles divergences. La formation initiale et continue des chirurgiens, leur installation sur le territoire, leurs modes de pratiques, leur évaluation et leurs modes de rémunérations sont l’objet de communiqués, de rapports et d’échanges réguliers. La permanence des soins chirurgicaux, la responsabilité civile professionnelle,  l’organisation des blocs opératoires, la réflexion sur les personnels qui y travaillent et la situation des chirurgiens étrangers qui exercent en France sont des sujets importants qui sont abordés sans tabou. Un rapporteur à la DHOS, membre du bureau assure la coordination nécessaire  entre le Conseil et la direction centrale dans la restructuration de l’offre de soins chirurgicaux dans le cadre de missions spécifiques.